高美濕地雖然面積不大,但是由於泥質及沙質灘地兼具,加上與河口沼澤地帶鑲嵌在一起,所以孕育了豐富又複雜的濕地生態,以及目前所知全臺灣最大族群的雲林莞草區,形成乾濕相間伴有植物生長的複雜地形,因為地形多變,生態種類亦相當複雜,主要為鳥類、魚類、蟹類及其他無脊椎類等生物。
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