南方澳三面環山，一面臨海，有三處漁港，第一個漁港－是日治時興建的，稱「南方澳漁港」，停放中小型漁船，是最熱鬧的街道，岸邊有海鮮店、特產店。
第二個漁港－於1955年建港，為舒通第一漁港的擁擠，稱「內埤漁港」，另設有漁市場，為海鮮零售市場。
第三個漁港－於1965年建港，為大型圍網漁船及遠洋漁船停泊港，以整箱為單位，屬大盤交易。